SiO2含量是硅藻土矿石中硅藻含量量度标志之一，SiO2高则质优。在大型矿床中吉林省长白县外围普查区SiO2含量较高，达到80.69%；其次是吉林省长白县西大坡详查区，SiO2 75.46%。中型矿床以吉林省长白县马鞍山Ⅱ号矿段最高，SiO2 83.46%；其次是吉林省临江市西小山矿床，SiO2 81.39%。6个大型矿床平均SiO2含量64.64%，19个大、中型矿床平均SiO2含量67.90%，即矿石质量多数属中等。
6个大型矿床共计保有储量30,320万t，占全国保有储量的79%。其中以吉林省长白县西大坡矿规模最大，详查区及外围普查区合计保有储量16,207万t；其次是云南省寻甸县先锋矿区，保有储量为7,760万t；第三位是浙江省浦义矿区，保有储量3,580万t。
硅藻土矿经常与粘土矿共生，粘土可以单独成层，也可与硅藻土相杂，形成粘土质硅藻土或硅藻质粘土。一般说粘土是有害组分，但在某些用途中则是有益组分。硅藻土矿与褐煤、泥炭层共生以云南先锋矿区最为典型。
硅藻土矿成矿时代一般较新，埋藏多数不深，因此主要是露天开采，仅部分矿床采取地下开采。有的从水下挖出，以矿泥形式泵取。