国外对硅藻土的认识始于19世纪。1870年在美国密苏里州西南部发现硅藻土，1872年开始开采。1892年该州的迦太基成立了美国硅藻土公司，用途逐渐扩大，成为重要的商品销售于世界各国。
中国于1935年首次发现，杨钟健先生在山东省临朐县山旺采集到精美的动、植物化石，赋存化石的岩层即为呈书页状构造的硅藻土。50年代仅有小规模的开采利用。六七十年代已发现和探查了一些硅藻土矿，80年代加快了地质勘查工作，至1987年底在14个省、自治区发现了硅藻土矿。
中国硅藻土的利用是从50年代开始生产硅藻土催化剂载体，60年代开始生产助滤剂。80年代以来，随着国民经济建设持续发展和产品结构的改变，硅藻土及其产品的需求量逐年上升，主要矿山在不断发展。