汞对人体健康的危害与汞的化学形态、环境条件和侵入人体的途径、方式有关。金属汞蒸汽有高度的扩散性和较大的脂溶性，侵入呼吸道后可被肺泡完全吸收并经血液运至全身。血液中的金属汞，可通过血脑屏障进入脑组织，然后在脑组织中被氧化成汞离子。由于汞离子较难通过血脑屏障返回血液，因而逐渐蓄积在脑组织中，损害脑组织。在其他组织中的金属汞,也可能被氧化成离子状态,并转移到肾中蓄积起来。
金属汞慢性中毒的临床表现，主要是神经性症状，有头痛、 头晕、 肢体麻木和疼痛、肌肉震颤、运动失调等。大量吸入汞蒸汽会出现急性汞中毒，其症候为肝炎、肾炎、蛋白尿、血尿和尿毒症等。急性中毒常见于生产环境，一般生活环境则很少见。金属汞被消化道吸收的数量甚微。通过食物和饮水摄入的金属汞，一般不会引起中毒。
无机汞化合物分为可溶性和难溶性两类。难溶性无机汞化合物在水中易沉降。悬浮于水中的难溶性汞化合物，虽可经人口进入胃肠道，但因难于被吸收，不会对人构成危害。可溶性汞化合物在胃肠道吸收率也很低。
甲基汞主要是通过食物进入人体，在人体肠道内极易被吸收并输送到全身各器官，尤其是肝和肾，其中只有15%到脑组织。但首先受甲基汞损害的是脑组织，主要部位为大脑皮层和小脑，故有向心性视野缩小、运动失调、肢端感觉障碍等临床表现。这与金属汞侵犯脑组织引起以震颤为主的症候有所不同。甲基汞所致脑损伤是不可逆的，迄今尚无有效疗法，往往导致死亡或遗患终身（见水俣病）。
有人预测，本世纪将流行精神病，因为汞的中毒主要是损伤神经，所以说体内汞含量太高，就有可能得精神病。20世纪七十年代中国精神病发病率是3.2‰，21世纪初上升到15.56‰，大约一千五百万人。增长速度是非常快的。
汞离子与体内的巯基有很强的亲和性，故能与体内含巯基最多的物质如蛋白质和参与体内物质代谢的重要酶类（如细胞色素氧化酶、琥珀酸脱氢酶和乳酸脱氢酶等）相结合。汞与酶中的巯基结合,能使酶失去活性,危害人体健康。
体内的汞主要经肾脏和肠道随尿、粪便排出，故尿汞检查对诊断汞中毒有重要参考价值。