砷的毒性极低，砷化合物则均有毒性，三价砷化合物比其他砷化合物的毒性更强。中国明代杰出的医学家李时珍在《本草纲目》中提到的砒霜就是一种毒性很强的三价砷化合物。如果长期饮用含砷量较高的水，就会引起地方性的慢性砷中毒。
三价砷比五价砷的毒性强。砷的毒作用，主要是三价砷离子与人体细胞中酶系统的流基结合，使细胞代谢失调，营养发生障碍，对神经细胞的危害最大。三价砷离子还能通过血液循环，作用于毛细血管壁，使其通透性增大，麻痹毛细血管，造成营养组织障碍，产生急性或慢性中毒。慢性砷中毒有消化系统症状(如食欲不振、胃痛、恶心、肝肿大)，神经系统症状(神经衰弱症状群、多发性神经炎)和皮肤病等，其中尤以皮肤病变比较突出，主要表现为皮肤色素高度沉着和皮肤高度角化，发生龟裂性溃疡，有时可恶变成皮肤原位癌。砷被认为是致癌、致畸、致突变的"三致物质"。砷可通过食物链富集，海洋生物能从海水中富集大量的砷，故海产品的含砷量一般较高。
砷和含砷金属的开采、冶炼，用砷或砷的化合物作原材料的玻璃、颜料、药物、纸张的生产，以及煤的燃烧等过程中，都可产生合砷的废水、废气和废渣，对环境造成砷污染。砷主要用于农药，少量用于有色玻璃、半导体和金属合金的制造。